กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอและกล้องจุลทรรศน์ผ่า (หรือที่เรียกว่ากล้องจุลทรรศน์ที่เป็นของแข็งหรือกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอ) มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในการออกแบบและการใช้งาน
วัตถุประสงค์การออกแบบและวัตถุสังเกตการณ์
กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอส่วนใหญ่ใช้เพื่อสังเกตวัตถุทางกายภาพเช่นเครื่องประดับแผงวงจรโครงสร้างจุลภาคเชิงกลแมลงพืชและโครงสร้างพื้นผิวอื่น ๆ มันให้ภาพที่เป็นบวกและสามมิติเหมาะสำหรับการผ่าตัดหรืองานประจำตัว
การผ่าด้วยกล้องจุลทรรศน์ส่วนใหญ่ใช้เพื่อสังเกตชิ้นส่วนชีวภาพเซลล์ชีวภาพแบคทีเรียและการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อชีวภาพ ฯลฯ และเป็นเครื่องมือสำคัญในการวิจัยทางชีวภาพและการแพทย์ นอกจากนี้ยังสามารถสังเกตวัตถุและวัตถุโปร่งแสงอื่น ๆ เช่นผงและอนุภาค
ระยะการทำงานและความลึกของสนาม
กล้องจุลทรรศน์สเตอริโอมีระยะการทำงานที่ใหญ่ขึ้นซึ่งมักจะสูงถึง 50 มม. ถึง 150 มม. ซึ่งช่วยให้สามารถวางวัตถุที่สูงขึ้นและหนาขึ้นสำหรับการสังเกต ความลึกของช่วงสนามมีขนาดใหญ่ซึ่งสามารถถึงระดับความลึกของสนาม 10 มม. หลังจากปรับวงแหวนโฟกัสแล้วภาพที่ชัดเจนสามารถมองเห็นได้ในช่วงที่ค่อนข้างใหญ่
การผ่าด้วยกล้องจุลทรรศน์มีระยะการทำงานที่สั้นกว่ามักจะไม่เกิน 20 มม. และส่วนใหญ่จะใช้เพื่อสังเกตชิ้นบาง ๆ หรือวัตถุเล็ก ๆ ความลึกของสนามมีขนาดค่อนข้างเล็กและภาพอาจไม่ชัดเจนเมื่อเปิดวงแหวนโฟกัสเล็กน้อย
การขยาย
กำลังขยายของกล้องจุลทรรศน์สเตอริโอมีขนาดค่อนข้างเล็กและการขยายสูงสุดโดยทั่วไปประมาณ 200 ครั้ง
การขยายของกล้องจุลทรรศน์ผ่านั้นสูงขึ้นและการขยายสูงสุดสามารถเข้าถึงได้ประมาณ 2,000 เท่าซึ่งช่วยให้สามารถสังเกตเซลล์ชีวภาพและโครงสร้างเนื้อเยื่อในรายละเอียดเพิ่มเติม



